于生物工程、生物醫學以及制藥工業的凍干機稱為醫藥凍干機。這種醫藥凍干機能為生物醫藥的研發和工業生產提供必要的凍干工藝條件。醫藥凍干機的主要優點有：

①在較低溫度下凍干，能夠保持藥物成分和生物制品的生物活性，對于很多熱敏性藥物生產尤為適用。

②在藥物中的一些揮發性成分損失很少。又能在生產過程中免受微生物和酶類的污染，能較好的保持藥物原來性狀。

③凍干后藥物與生物制品的體積變化很少，有利于保持其原有的結構。

④制品疏松多孔，呈海綿狀，復水性好，加水后能夠迅速而且*地溶解，有利于藥物吸收。

⑤凍干在真空條件下進行，一些易氧化的物質得到了保護。用醫藥凍干機凍干比其他干燥方法能夠除去更多物質中的水分，穩定保存性更好。

⑥液體加工方便，簡化了無菌作業過程，制品適合注射用針劑。